Κατά τα χρόνια της Τουρκοκρατίας επειδή οι δύο γειτονικές Μητροπόλεις Ξανθείας (Τοπείρου) και Περιθεωρίου, δεν μπορούσαν ν” ανταποκριθούν στις δυσβάστακτες, τακτικές και έκτακτες, εισφορές, χαράτσια πού έπρεπε να καταβάλλουν κάθε τόσο στον δυνάστη Τούρκο, το Οικουμενικό Πατριαρχείο, αναγκάστηκε να συνενώσει τις δύο αυτές όμορες μητροπόλεις και έκτοτε η Μητρόπολη και ο Μητροπολίτης φέρει την ονομασία «ΞΑΝΘΗΣ ΚΑΙ ΠΕΡΙΘΕΩΡΙΟΥ».

Αλλά επειδή παρά την συνένωση των δύο μητροπόλεως σε μία πάλι δεν μπορούσε να τα βγάλει πέρα «δια την ολιγανθρωπία» το Οικουμενικό Πατριαρχείο αναγκάστηκε το 1721 να προσαρτήσει στην Μητρόπολη την «Ξάνθης και Περιθεωρίου» όλη την επαρχία της Καβάλας καθώς και την πέραν της Ελευθερουπόλεως περιοχή του Παγγαίου μέχρι την θάλασσα και τον Στρυμώνα ποταμό.
Έτσι τα όρια της Μητροπόλεως Ξάνθης και Περιθεωρίου κατά την εποχή της Τουρκοκρατίας εκτείνονταν από ανατολικά του Ιάσμου και της Σάλπης του σημερινού νομού Ροδόπης μέχρι το Ορφάνια του Νομού Καβάλας και το Πειθυλινό του Νομού Σερρών και από το θρακικό πέλαγος (τα Άβδηρα) μέχρι την Φιλιππούπολη της Βουλγαρίας.
Καθ” όλη αυτή την περίοδο της Τουρκοκρατίας η Μητρόπολη Ξάνθης αναδείχθηκε το πνευματικό κέντρο όλης αυτής της περιοχής και ο κατ εξοχήν κυματοθραύστης των κατά καιρούς μικρών και μεγάλων προσrταθειών των δυναστών για πλήρη εξισλαμισμό των χριστιανών της και το μοναδικό λιμάνι – καταφύγιο, προς το οποίο πρόσβλεπαν και από το οποίο αναζητούσαν πνευματική βοήθεια, ο δε εκάστοτε Μητροπολίτης ήταν το ανύστακτο μάτι πού αγρυπνούσε διαρκώς για την πίστη αλλά και την εθνική συνείδηση των χριστιανών.

ΜΟΡΦΕΣ ΙΕΡΑΡΧΩΝ ΚΑΤΑ ΤΗΝ ΠΕΡΙΟΔΟ ΤΗΣ ΤΟΥΡΚΟΚΡΑΤΙΑΣ

Μεγάλες μορφές Ιεραρχών με ανεκτίμητη εκκλησιαστική και εθνική προσφορά της Μητροπόλεως Ξάνθης κατά την τελευταία εκατονταετία της Τουρκοκρατίας αναδείχθηκαν οι:

  • Σεραφείμ (1806 – 1831) (στα χρόνια της Ελληνικής Επαναστάσεως).
  • Ευγένιος (1831 – 1848) επί της εποχής του όποίου κτίσθηκαν όλες σχεδόν οι εκκλησίες της παλαιάς Ξάνθης, της Γενισέας και των Αβδήρων.
  • Ιλαρίων (1864 – 1872) με σπουδαίους αγώνες κατά των Βουλγάρων σχισματικών στην περιοχή του Αχριάν Τσελεπή οπότε και υβρίστηκε, λιθοβολήθηκε και διώχθηκε αλλά και απειλήθηκε η ζωή του.
  • Ιωακείμ Σγουρός (1891 – 1910) ο όποίος έκαμε περίφημους αγώνες κατά τcίιν Βουλγάρων και των Τούρκων.
  • Aνθιμος (1910 -1922) ο οποίος προπηλακίστηκε και εκτοπίστηκε από ιούς Βουλγάρους για να αναγκαστεί τελικά να φύγει από την Ξάνθη μαζί μ” άλλους αυτοεξόριστους Ξανθιώτες το 1913 και να επανέλθει το 1920.